Au Japon, il y a de très nombreux temples bouddhistes et sanctuaires shintoïstes. Ces sanctuaires et temples ont des pratiques de culte différentes.
Dans un sanctuaire, inclinez-vous en direction du hall principal, puis dirigez-vous vers le pavillon d'ablution Temizuya pour vous nettoyer les mains avec une louche et rincer votre bouche (étape de purification). Sonnez ensuite la cloche du sanctuaire, faites une offrande, inclinez-vous deux fois puis tapez deux fois dans vos mains pour signaler votre présence à la divinité locale. Enfin, baissez votre tête pour vous incliner une nouvelle fois.
Dans un temple, joignez tout d'abord vos mains et inclinez-vous devant la grande porte à l'entrée. Franchissez la porte et lavez-vous les mains puis rincez-vous la bouche à la fontaine comme dans un temple shinto. Faites ensuite une offrande, joignez les deux mains pour prier et brûlez de l'encens. Enfin, lorsque vous sortez de la porte, vous devez vous incliner une dernière fois en direction du hall principal.

Dans la grande majorité des onsen, les shampoings, savons pour le corps, gels douche etc. sont fournis. Si vous avez les cheveux longs, attachez-les pour qu'ils ne tombent pas dans l'eau, et pensez à vous mouiller légèrement avant de pénétrer dans le bain. Les serviettes ne sont pas autorisées. Séchez-vous dans les vestiaires avant de partir.
Il est strictement interdit de prendre des photos dans les sources chaudes et les vestiaires. Évitez de boire avant de rentrer dans l'eau. Certains onsen sont interdits aux personnes tatouées.

Il est strictement interdit de jeter des mégots par terre et de fumer en marchant. Veuillez utiliser les zones fumeurs. La plupart des endroits publiques, comme les bus, les trains etc sont non-fumeurs. Fumer dans des endroits non-fumeurs est passible d'une amende.

Dans la cuisine japonaise, il y a souvent des règles de politesse/coutumes à respecter comme par exemple déguster son repas en tenant le bol dans la paume de la main gauche et ne pas porter un plat directement à sa bouche. Il est également malpoli de manger avec le coude sur la table. Selon la coutume, avant de manger il est poli et bien vu de dire « Itadakimasu », puis « Gochisōsama » une fois le repas terminé.
Faites attention à ne pas couper les plats avec des baguettes ou encore à planter ces dernières dans les aliments.

Lorsque vous séjournez dans un ryokan, veuillez retirer vos chaussures à l'entrée et mettre des chaussons. Si vous séjournez dans une chambre de style japonais, asseyez-vous dans un endroit avec un coussin. Les équipements fournis par la plupart des hôtels peuvent être rapportés à la maison, mais il est possible que vous ne puissiez pas ramener les serviettes de toilette. Veuillez vous référer au règlement de votre ryokan.

Veuillez utiliser les toilettes japonaises en vous accroupissant. Les toilettes occidentales sont souvent équipées de sièges de toilette avec un jet d'eau chaude intégré. Ne jetez pas le papier WC usagé à la poubelle, mais dans les toilettes. Appuyez sur le levier pour tirer la chasse.